药剂学教学课程开设于1952年，于二十世纪五十年代后期，成立了药剂学教研室；1996年建立药剂学系，由原来的药剂学、物理化学、药物分析教研室组成，魏树礼教授任系主任；1999年由张强教授任系主任；2003年系室调整后，药剂学系由药剂学和物理化学两个教研室组成，由卢炜教授担任系主任；2017年由吕万良教授代理系主任，齐宪荣教授担任系党支部书记。

　　目前，药剂学系在职教职员工16名，包括张强、吕万良、齐宪荣药剂、张烜、王坚成和周田彦六位教授，汪贻广特聘研究员，刘艳、范田园、谢英、王学清、李馨儒、张华、代文兵七位副教授，周艳霞和何冰二位讲师，药剂学系目前在实验室开展研究的硕士生、博士生、博士后有120人。

　　药剂学科的发展目标是跻身于世界一流药剂学科的前列，培养研究型高层次药剂学人才。

　　药剂学系开设了本科生、硕士和博士研究生理论课程与实验课程近20门次，以药剂学、生物药剂学与药物动力学、物理化学为骨干课程。以本系教授为主，邀请部分国内知名专家参加编写了北京大学特色教材《药剂学》、《生物药剂学与药物动力学》和《物理化学》。《生物药剂学与药物动力学》教学课程被列为北京大学医学部精品课程。作为我国首批药剂学硕士和博士点招生单位，药剂学系可招收硕士研究生、博士研究生以及博士后研究人员。

　　药剂学系的研究工作主要集中于两个方面：一方面开展药剂学基础前沿科学研究，主要包括分子药剂学、生物药剂学、群体药物动力学、物理药学等，相关研究成果在国内、外产生了重要影响；另一方面开展新释药系统等创新制剂的研究，在纳米药物、载体递送药物、生物大分子药物和缓控释药物等创新制剂领域取得了重要进展。

　　药剂学系承担了国家重大科学计划（973计划）、国家高技术研究发展计划（863计划）、国家创新药物专项、国家综合性创新药物大平台（药剂、药代和中试单元平台）建设、国家自然科学基金重大与重点项目、北京市自然科学基金重点项目、教育部博士点重点项目等国家重要基金累计60余项，负责的国家课题经费总额累计超过一亿元。作为全国药学一级重点学科的组成部分，药剂学系被列入了北京大学“211工程”、“985工程”、“双一流工程”重点建设单位，药剂学相关研究设备达到了国际先进水平。2011年，药剂学系入选我国药剂学科首个教育部创新团队，并于2015年获得教育部连续滚动支持；2015年，整合北京大学药学院药剂学和工学院相关学科，建立了“分子药剂学与新释药系统北京市重点实验室”。

　　近十年来，药剂学系科研人员在包括Adv Material、Adv Drug Deliv Rev、Adv Funct Mater, J Control Release、Biomaterials、Scientific Report、Cancer Letter等重要学术期刊上发表SCI学术论文300余篇，获得包括教育部自然科学一等奖、中国药学会科技进步一等奖、吴阶平-保罗杨森一等奖等在内的科研和教学成果奖20余项，药剂学系部分专家被美国科学指标数据库列入科学家排名前1%、入选Elsevier全球有重要学术影响力的高被引中国学者榜单。

　　药剂学系与北卡罗莱纳大学（教堂山分校）、多伦多大学、星药科大学、富山大学、新加坡国立大学、香港中文大学、澳门大学等数十所著名大学相关院系有广泛的学术交流；与大型医药企业诺和诺德等建立了国际科研合作关系；与美国辉瑞公司建立了北京大学/辉瑞公司定量药理学高级人才培训中心。药剂学系是我国药剂学高层次人才的重要培养基地之一。